Bactérie contre virus et vice et versa .

Citation :

Un virus prend la bactérie du choléra à son propre piège



Une bataille sans merci se déroule en silence dans le monde de l'infiniment petit. C'est la guerre que se livrent, d'un côté, les bactéries et, de l'autre, les virus qui les attaquent, appelés bactériophages ou plus simplement phages. On estime que ces derniers sont dix fois plus nombreux que leurs cibles, ce qui implique que les bactéries doivent faire preuve d'une grande inventivité défensive pour ne pas succomber sous la multitude. Et, bien entendu, à chaque fois qu'une parade est trouvée, les virus mettent au point de nouvelles techniques pour en venir à bout ou bien cherchent d'autres failles dans les remparts.

C'est donc à une coévolution sous forme de course aux armements qu'assistent, non sans une certaine fascination, les biologistes. J'ai ainsi publié il y a quelques mois un billet décrivant comment, lorsque des phages les infectaient, des bactéries préféraient se suicider à l'aide d'une toxine pour éviter de servir d'incubateurs à virus et pour préserver le reste de la colonie bactérienne. Mais certains virus, afin d'empêcher le hara-kiri et de forcer leur hôte à vivre, étaient parvenus à synthétiser l'antidote au poison !

Dans le dernier numéro de Nature, daté du 28 février, une équipe de Boston (Massachussetts) rend compte d'une course aux armements encore plus étonnante. Ces chercheurs américains travaillent sur la bactérie responsable du choléra, le bacille virgule (Vibrio cholerae), et ils s'intéressent également aux différents phages qui l'attaquent car ces virus participent à la régulation des épidémies. Pour lutter contre ses assaillants, le bacille dispose de plusieurs armes parmi lesquelles figure le système CRISPR-Cas. Derrière ce nom compliqué se cache un mécanisme qui s'apparente à un véritable système immunitaire de la bactérie. Il s'agit de séquences génétiques répétitives servant de jalons. Quand la bactérie subit une attaque, elle prélève des morceaux du code génétique du virus, qu'elle insère entre ces jalons. Elle peut ainsi se constituer une sorte de "génothèque" des ennemis et synthétiser des bouts d'ARN qui, lors de l'infection suivante, reconnaîtront rapidement le matériel génétique du virus et s'en iront le mettre en charpie.

Phages neutralisés ? Pas si simple. En étudiant des échantillons d'excréments humains récoltés pendant plusieurs années lors d'épidémies de choléra autour du golfe du Bengale, les auteurs de l'étude de Nature ont bien retrouvé des systèmes CRISPR-Cas, mais pas forcément là où ils les attendaient : des virus bactériophages en possédaient aussi dans leur programme génétique. On pourrait se demander pourquoi des virus se promènent ainsi avec du matériel destiné à les tuer, un peu comme si quelqu'un jouait avec une capsule de cyanure dans la bouche. Ces chercheurs ont donc mené une série d'expériences au terme desquelles ils ont compris que les phages en question avaient détourné l'arme des bactéries contre elles. En effet, le système CRISPR-Cas que possèdent ces phages a été reprogrammé : il prend désormais pour cible des gènes bien spécifiques de la bactérie du choléra, ceux grâce auxquels elle tente d'empêcher le virus de se multiplier en son sein. A leur manière, ces bactériophages se sont eux aussi dotés d'un système immunitaire, ce qui peut apporter un argument supplémentaire à ceux qui placent les virus dans la sphère du vivant.

Les virus n'ont sans doute pas réinventé l'arme que constitue le CRISPR-Cas. Grands experts en manipulation génétique, ils se sont probablement contentés de la dérober à des bactéries et de se la réapproprier. Pour les chercheurs canadiens Manuela Villion et Sylvain Moineau qui, dans le même numéro de Nature, commentent l'étude américaine, cette découverte permet d'envisager la fabrication de phages capables, en cas d'infection bactérienne, d'apporter un renfort efficace à l'attirail thérapeutique classique. Mais ils mettent aussi en garde les entreprises de biotechnologie qui se reposent uniquement sur les systèmes CRISPR-Cas pour protéger des virus les lignées bactériennes qu'elles produisent : ces sociétés "devraient être prêtes à tout reprendre de zéro. Parce que, comme toujours, les phages trouveront une solution. Ils l'ont peut-être déjà fait."

Les phages... est-ce qu'il n'y a pas une école (anciens pays de l'Est ?) qui exploite des prélèvements dans les eaux usées, voire dans les égouts, pour obtenir de puissants bactéricides - les phages ? - au moins aussi efficaces que les antibiotiques et qui ne provoquent pas d'accoutumance ?

Tu penses que boire l'eau des chiottes te protège du Choléra ?

On parle pas de ça dans le Guide du Routard en tous les cas !


Dis, c'est pas toi qui suce les pastilles des pissotières ?
T'échappera pas au Sida comme çà tu sais !

?

A leur manière, ces bactériophages se sont eux aussi dotés d'un système immunitaire, ce qui peut apporter un argument supplémentaire à ceux qui placent les virus dans la sphère du vivant.

Quelqu'un peut m'expliquer ce que les biologistes entendent par " vivant " pour se demander encore si les virus en font ou non partie ?

À voir comment dans ce Monde si microscopique on fait la guerre, avec quelle... intelligence !, que faut-il donc faire pour apparaitre " du vivant " ?

Ou bien, le Monde viral n'est qu'un labo pour des intelligences qui ne sont pas humaines, car à lire l'article, si les virus et les bactéries ne PENSENT pas, ce qu'ils réalisent est, ma foi, plus efficace que ce que concoctent la majorité de nous gouvernants et leurs sbires économiques, toujours à chevaucher l'inflation. (Ce qui n'empêche pas les grandes fortunes de prospérer, notons-le. Et demandons-nous si la première ne serait pas liée à la deuxième.)

Conclusion : doit-on déclarer la Matière intelligente ?

Zed a écrit :
Mieux vaut avoir la grippe que d'être croyant, la grippe c'est passagé

Que de bon sens et de clairvoyance dans ces propos ! Etre croyant , c'est la solution de facilité , voire une forme de lâcheté,
qui permet de se réfugier dans un abri crée par "Dieu" qui est une création de l'homme !

Ungern a écrit:

Tu penses que boire l'eau des chiottes te protège du Choléra ?
On parle pas de ça dans le Guide du Routard en tous les cas !
Dis, c'est pas toi qui suce les pastilles des pissotières ?
T'échappera pas au Sida comme çà tu sais !

Bonjour Ungern !

Je ne sais pas qui tu cherches à diminuer avec ces mots ; par contre, je devine qui devient de plus en plus insignifiant au fil de ses propos, mais bon....

Foyons foir des nouvelles assez récentes sur les phages :

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Les phages, des virus guérisseurs
(LE MONDE - SCIENCE ET TECHNO |Par Raphaëlle Maruchitch et Anuliina Savolainen (à Tbilissi) 14.06.2012 à 15h21 • Mis à jour le 25.07.2012 à 10h20 - )


Bactériophages sur la bactérie "Escherichia Coli" 0104 : H4, souche 55989. | Institut Pasteur/C. Le Bouguénec, L. Debarbieux, P. Bomme, J-M.Panaud

Bactériophages sur la bactérie "Escherichia Coli" 0104 : H4, souche 55989. | Institut Pasteur/C. Le Bouguénec, L. Debarbieux, P. Bomme, J-M.Panaud
Une date d'opération était programmée pour l'amputation du pied droit de Caroline Lemaire. Sa jambe devait être coupée à 12 cm au-dessous du genou. "J'ai même eu la prothèse dans les mains", se souvient-elle. C'était en 2008. Pourtant, cette jolie femme de 43 ans a toujours son pied aujourd'hui. Elle a eu la chance de bénéficier d'une thérapie utilisée dans le passé : la phagothérapie.

Alors que l'âge d'or des antibiotiques semble être révolu, cette ancienne thérapie suscite de nouveaux espoirs. Elle consiste à utiliser les phages, virus naturels des bactéries, dans certains cas d'antibiorésistance. Ce traitement a connu ses premiers succès dans les années 1920. Mais les phages, plus précisément les bactériophages, ont sombré dans l'oubli avec l'avènement de l'antibiothérapie, au milieu des années 1940.

Seuls certains pays de l'Est, notamment la Géorgie, ont continué à les utiliser. C'est d'ailleurs à Tbilissi que les médecins se sont approvisionnés en bactériophages pour soigner Caroline Lemaire. Le docteur Dublanchet, microbiologiste, ancien chef de service au centre hospitalier de Villeneuve-Saint-Georges (Val-de-Marne), s'emploie aujourd'hui à promouvoir la phagothérapie. Il a entraîné dans son combat le professeur Olivier Patey, infectiologue, chef de service toujours en exercice à Villeneuve-Saint-Georges. C'est dans cet établissement que Caroline Lemaire a été prise en charge, en 2008, alors qu'elle s'apprêtait à se faire amputer.

Son calvaire débute en 1995, quand elle se luxe trois os du pied lors d'une grave chute. Au cours de son hospitalisation, elle contracte un staphylocoque doré. L'Augmentin, un antibiotique couramment utilisé, ne fonctionne pas et la plaie met plus d'une année à se refermer. Elle boite, souffre ; les complications s'enchaînent. "On a commencé à me parler d'amputation en 2003", se souvient-elle. Hors de question. Le calvaire continue, le pied ne cicatrise pas et, quatre ans plus tard, elle développe un DRESS (syndrome d'hypersensibilité médicamenteuse) dû aux antibiotiques, pendant que l'on tente une nouvelle fois de la traiter. Cette fois-ci, l'amputation n'est plus juste une option. C'est à ce moment qu'un ami la met en contact avec l'hôpital de Villeneuve-Saint-Georges. Le docteur Dublanchet et le professeur Patey vont identifier les bactéries responsables de son infection et trouver les phages, commercialisés dans les pays de l'Est, qui la soigneront.

IMAGE DE VIEILLE MÉDECINE

Car, actuellement, il n'existe plus de phages thérapeutiques officiels en Occident. La phagothérapie souffre d'une image de vieille médecine et se heurte à beaucoup de scepticisme. Pourtant, depuis 2006, la Food and Drug Administration (l'administration américaine des produits alimentaires et médicamenteux) a autorisé l'usage de produits basés sur les phages en agroalimentaire. Le Listex, par exemple, une préparation hollandaise de phages qui s'attaquent aux bactéries responsables de la listériose, a été approuvé aux Etats-Unis, au Canada, et est potentiellement utilisable en Europe. "La démarche actuelle est plutôt d'essayer de rechercher des nouveaux mécanismes d'action pour les antibiotiques plutôt que de s'orienter vers des thérapies nouvelles", estime un médecin qui travaille au sein d'un service de maladies infectieuses.

Christian Perronne, chef de service à l'hôpital Raymond-Poincaré à Garches, président de la Fédération française d'infectiologie, a quant à lui redécouvert la phagothérapie grâce au professeur Patey. "Il m'a montré ce qu'il avait fait avec le docteur Dublanchet et j'ai été impressionné par les résultats." Il se dit "convaincu que, dans le cas de certaines infections osseuses difficiles à traiter, la phagothérapie pourrait jouer un rôle important".

Alain Dublanchet, Olivier Patey et Alain Asselineau, chef de service de chirurgie orthopédique et traumatologique à Villeneuve-Saint-Georges, se sont justement penchés sur le cas de plusieurs patients, atteints d'infections ostéo-articulaires, présentant des bactéries multirésistantes aux antibiotiques. Les résultats qu'ils décrivent sont épatants : tous les patients ont guéri. Le docteur Dublanchet compte personnellement "plusieurs dizaines de patients à [son] actif". "Mon objectif est de traiter les infections graves avec des phages, comme compléments aux antibiotiques, explique-t-il. Jusqu'ici, je n'ai pas déclaré l'importation des phages rapportés de Géorgie et de Russie, ni demandé d'autorisation. Je suis extrêmement prudent car on m'attend au tournant."

Les phages ont été employés en Occident et ont figuré dans le Vidal, dictionnaire des médicaments le plus connu, jusque dans les années 1970, mais aucune étude clinique n'a jamais été menée. Pourtant, à Tbilissi, l'Institut Eliava n'a jamais cessé son activité. Toute la production des phages de l'Union soviétique était concentrée ici. Aujourd'hui, l'Institut ne reste fonctionnel que grâce au soutien de structures occidentales et de l'Etat géorgien. Enfant, le président géorgien a lui-même été soigné avec succès par des phages, raconte Revaz Adamia, le directeur d'Eliava. "L'utilisation des phages est complètement sans danger. Nous ne faisons que prendre dans la nature quelque chose qui y existe déjà et le multiplier", souligne-t-il.

Les employés vont chercher des phages dans la rivière proche, vers l'évacuation des eaux usées. On l'aura compris : les phages se trouvent là où pullulent les bactéries. Les collections de phages de cet institut seraient les plus importantes du monde, et parmi les collections bactériennes qu'on utilise pour cultiver les phages se trouvent les redoutables Staphylococcus aureus (staphylocoques dorés) ou les Yersinia pestis, responsables de la peste...

BOUILLON DE BACTÉRIES

Ce n'est sûrement pas par hasard que les Américains s'y intéressent aujourd'hui. La Defense Threat Reduction Agency (DTRA), fondée dans le but de "protéger les Etats-Unis et ses intérêts des armes de destruction massive", a investi dans la rénovation du bâtiment principal d'Eliava et des laboratoires et finance plusieurs projets scientifiques, notamment sur les bactériophages contre le choléra. La partie rénovée brille, à l'image de la Maison Blanche, mais c'est dans l'autre partie que se trouve le laboratoire de la professeure Zemfira Alavidze, chercheur principal au sein de l'institut depuis quarante-cinq ans. Dans les couloirs sombres, les murs sont rayés par des traces de dégâts des eaux et la peinture verdâtre s'écaille. Zemfira Alavidze est spécialisée dans la sélection de phages spécifiques de bactéries de la famille des staphylocoques. Y compris les souches de Staphylococcus aureus, résistantes à la plupart des antibiotiques, qui avaient failli causer l'amputation du pied de Caroline Lemaire.

Zemfira Alavidze saisit une boîte de Petri dans laquelle est étalé un bouillon de bactéries. Elle y applique ensuite des gouttes contenant différentes souches de phages. Quelques heures plus tard, on peut déjà constater des trous clairs dans le tapis de bactéries : à ces endroits, les phages ont détruit les staphylocoques. "J'ai trois enfants et trois petits-enfants, et nous nous sommes toujours soignés avec les phages. En Géorgie, les antibiotiques n'ont pas été utilisés en masse, ce que je considère comme une bonne chose. Aujourd'hui, on peut voir à quel point les bactéries sont devenues résistantes en Occident", explique la scientifique. Des cocktails de phages sont vendus dans la pharmacie de la clinique où l'on fait des diagnostics. Les Géorgiens y font la queue tous les matins pour se faire prélever des échantillons et trouver les phages correspondant à leur infection, telles les otites ou les angines. Ici, la vieille cure n'a pas été oubliée !

Alain Dublanchet est lui aussi persuadé que la phagothérapie fonctionne. Mais il est également certain que cela ne peut se faire dans l'approximation et que la réintroduction doit être encadrée afin de ne pas reproduire les erreurs qui ont été faites avec le mésusage des antibiotiques. "Les phages connaissent récemment un effet de mode", analyse le microbiologiste. "J'ai tendance à tempérer tous ces élans. Il est tellement facile de préparer des phages ! Cela pourrait conduire à des ennuis supérieurs à ceux que nous avons connus avec les antibiotiques. C'est notamment pourquoi nous sommes en train de constituer le Centre français d'étude de la phagothérapie (Cefep), pour définir des protocoles, des procédures d'utilisation ; en bref, un bon usage des phages." La première réunion constituante du centre a eu lieu le 6 juin, avec entre autres des représentants d'associations de patients, des infectiologues et des microbiologistes...

Son objectif est d'obtenir une autorisation temporaire d'utilisation (ATU) nominative. Les ATU sont notamment utilisées lorsque l'efficacité et la sécurité d'emploi des médicaments en question sont présumées, en l'état des connaissances scientifiques. Car, pour le moment, le docteur Dublanchet et le professeur Patey ont cessé de traiter des patients. "Nous avons relancé la machine, mais nous ne voulons pas continuer à bidouiller comme ça", commente le professeur Patey.

Les phages ne peuvent plus se passer d'études cliniques et d'autorisations de mise sur le marché pour être commercialisés. Ils doivent emprunter le même chemin que s'ils étaient de toutes nouvelles molécules, jamais testées sur l'homme. Une question parlementaire avait d'ailleurs été émise à ce sujet, en 2011, demandant si le cadre réglementaire européen actuel pour les médicaments pouvait être modifié en vue de l'adoption en Europe de la phagothérapie. La Commission, dans sa réponse, a argué que "les bactériophages peuvent être réglementés au même titre que n'importe quel médicament" et que "si la substance active est une substance biologique qui est produite à partir d'une source biologique ou en est extraite, des exigences spécifiques sont requises dans le dossier d'autorisation de mise sur le marché".

RÉSULTATS EXCELLENTS

Or, les phages sont des virus, à la frontière du vivant, et ils n'entrent pas dans la définition de "substance biologique produite ou extraite d'une source biologique". La députée européenne Catherine Trautmann, à l'initiative de la question parlementaire, se dit déçue par la réponse. "Nous restons bizarrement bloqués par une vision clinique du médicament, alors qu'il faut penser processus thérapeutique." Mener des essais cliniques sur les phages, c'est justement ce à quoi s'emploie Laurent Debarbieux, chargé de recherche à l'Institut Pasteur de Paris. Il est l'un des seuls chercheurs en France à travailler sur leur utilisation dans un but thérapeutique. Il y a six ans, il est tombé sur un article intitulé "Stalin's forgotten cure" qui traitait de l'usage des phages fait en Europe de l'Est. Sa curiosité a été piquée, et les phages thérapeutiques sont devenus son sujet de recherche. "Mon objectif est de mettre en place des expériences rigoureuses", résume-t-il. Il travaille notamment sur l'utilisation des phages pour traiter les infections pulmonaires, comme celles dues à la mucoviscidose. Les poumons "présentent l'avantage d'un accès rapide au site infectieux par les voies respiratoires, au moyen d'un aérosol", détaille Laurent Debarbieux.

Les tests ont été effectués sur des souris sauvages, infectées par une dose létale de bactéries au niveau des poumons puis traitées avec des phages. Les résultats obtenus sont excellents - toutes les souris qui ont reçu des phages ont guéri, les autres sont mortes. L'étape suivante permettra de réaliser les tests chez des souris qui ont la mucoviscidose. Il est aussi prévu que des essais soient menés sur des crachats de patients atteints de mucoviscidose, en partenariat avec trois établissements hospitaliers. Le chercheur n'est pas le seul à trouver les résultats prometteurs. De son côté, le professeur Patey est en passe de commencer des essais précliniques sur des modèles animaux.

Pour avoir une chance de voir les phages commercialisés, il est nécessaire que les industriels investissent. Or, les phages, issus de la nature, ne sont pas brevetables. Pherecydes Pharma, start-up opérationnelle depuis 2007, s'est penchée sur le développement de cocktails de phages qui, eux, sont brevetables. Trois cocktails sont en préparation : le premier, destiné aux infections de la peau, est en essais précliniques. Le deuxième est voué à combattre les infections respiratoires provoquées par les bacilles pyocyaniques. Enfin, le troisième cible le staphylocoque doré, dans les cas d'infections osseuses et articulaires profondes.

Ce dernier cas est celui dans lequel était Caroline Lemaire au moment où elle a atterri entre les mains du docteur Dublanchet, du professeur Patey et du docteur Asselineau. "Ils voulaient m'opérer d'une certaine façon, qui impliquait six mois d'hospitalisation. Je ne pouvais pas psychologiquement... Je leur ai proposé d'enlever la vis que j'avais à ce moment-là à travers le pied et de mettre un drain afin de permettre d'y déposer les phages." C'est de cette façon que le docteur Asselineau va procéder. Caroline est opérée en avril 2009. Les phages sont administrés d'abord quotidiennement pendant un mois et demi, puis l'administration est espacée. En juillet, la plaie est refermée et les douleurs ont disparu. Aujourd'hui, le bouche-à-oreille a fait son effet et les demandes se multiplient. "Je reçois des appels toutes les semaines pour savoir si nous pouvons fournir des phages", explique le PDG de Pherecydes Pharma, Jérôme Gabard.

Même chose à l'hôpital de Villeneuve-Saint-Georges. Pourtant, Alain Dublanchet, Olivier Patey et Alain Asselineau restent prudents. Ils insistent sur le fait que la phagothérapie n'est pas une solution miracle. Caroline Lemaire, de son côté, n'a pas eu de rechute depuis le traitement. Et n'a plus de douleurs. "Je m'en suis quand même bien sortie", juge-t-elle aujourd'hui.

et le staphylocoque doré qui m'a bouffé la maléole,il dit quoi ?

Charly a écrit:

et le staphylocoque doré qui m'a bouffé la maléole,il dit quoi ?

Il dit "Je reprendrais bien encore un peu...."

Toujours pas de réponse à ma juste question.

On nourrit la suspicion de Blue Shadow (qu'on a réduit à la simple expression de l'indifférence plutôt que de se confronter à la réalité qu'il/elle soulignait : ils ont été bien dressés, les Occidentaux).

Biloulou a écrit:

Ungern a écrit:

Tu penses que boire l'eau des chiottes te protège du Choléra ?
On parle pas de ça dans le Guide du Routard en tous les cas !
Dis, c'est pas toi qui suce les pastilles des pissotières ?
T'échappera pas au Sida comme çà tu sais !

Bonjour Ungern !

Je ne sais pas qui tu cherches à diminuer avec ces mots ; par contre, je devine qui devient de plus en plus insignifiant au fil de ses propos, mais bon....

Désolé,mais je ne comprends pas du tout ta réaction Biloulou .
Je ne t'ai en rien agressé ,tu me rentres dedans comme un "mal propre" = >>> ???????

Ungern a écrit:

Biloulou a écrit:

Ungern a écrit:

Tu penses que boire l'eau des chiottes te protège du Choléra ?
On parle pas de ça dans le Guide du Routard en tous les cas !
Dis, c'est pas toi qui suce les pastilles des pissotières ?
T'échappera pas au Sida comme çà tu sais !

Bonjour Ungern !
Je ne sais pas qui tu cherches à diminuer avec ces mots ; par contre, je devine qui devient de plus en plus insignifiant au fil de ses propos, mais bon....

Désolé,mais je ne comprends pas du tout ta réaction Biloulou .
Je ne t'ai en rien agressé ,tu me rentres dedans comme un "mal propre" = >>> ???????

Bonjour Ungern !

C'est désagréable, n'est-ce pas ?
Tu considères vraiment que ta réponse à mes commentaires sur les phages est exempte de toute mauvaise intention ?
Bon, il est possible que si supposer que je pense que boire l'eau des chiottes me protège du choléra et que je suce les pastilles des pissotières ne s'adresse pas à moi... mais ce n'est pas moins insultant si ça s'adresse à un autre participant.

Réfléchis : relier mes propos aux chiottes et aux pissotières n'est-ce pas un tout-à l'égout ? Est-ce vraiment innocent et de bon goût ? Tu as même oublié la Javel... tu vois la délicatesse ! -
Enfin, ça aura au moins eu le mérite de te faire ressentir combien il est désagréable de se sentir agressé.

(Malpropre ? Ah non, ça j'ai jamais dit !)